Nas ações cíveis originárias (ACO 1007 e ACO 1008), o órgão ministerial exige a retenção de um valor superior a R$ 100 milhões do Fundo de Participação dos Estados (FPE) devido a descontos irregulares supostamente praticados pelo ente federativo. O questionamento tem como base o desconto da arrecadação com o Fundo de Desenvolvimento das Atividades Portuárias (Fundap), que funciona hoje em formato diferente. O governo capixaba defende a exclusão dos valores do cálculo da aplicação mínima constitucional (25% da arrecadação) sob alegação de que a arrecadação do incentivo fiscal não chega a entrar efetivamente no caixa do Estado.
Já o Ministério Público alega que o estado viria aplicando percentuais de receita menores do que os mínimos exigidos na área de saúde. Isso porque, segundo as ações, o ente federativo exclui de sua receita a parcela referente a incentivos financeiros concedidos à importações realizadas pelos portos locais, quando a Constituição só permitiria a exclusão das parcelas transferidas aos municípios.
Após recurso apresentado pelo Estado do Espírito Santo, o relator dos processos, ministro Roberto Barroso, reconsiderou decisão anterior e reconheceu a existência de conflito federativo no caso em questão. Citando informação trazidas aos autos, ele destacou que a Advocacia Geral da União (AGU), em parecer formulado pela 2006, fixou posição no sentido da irregularidade na dedução dos valores de Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS) destinado ao Fundap da base de cálculo do percentual mínimo aplicado em saúde.
“Constatada a existência de teses contrapostas quanto à possibilidade de deduzir da base de cálculo do percentual mínimo aplicado em saúde os valores de ICMS destinados ao Fundap, fica comprovado o conflito entre União e o Estado de Espírito Santo. Em acréscimo, como a questão interfere diretamente na relação entre os entes políticos, também verifico a possibilidade de desestabilização do pacto federativo”, concluiu o ministro, declarando a competência do STF para apreciar e julgar a causa.