De acordo com informações do STF, o tema foi abordado no Recurso Extraordinário (RE 636199), interposto pelo Ministério Público Federal (MPF) contra acórdão do Tribunal Regional Federal da 2ª Região (TRF-2). O órgão ministerial movia uma ação civil pública defendendo que os terrenos na ilha de Vitória não mais pertenciam à União e, por consequência, descaberia a manutenção da cobrança das obrigações relativas à ocupação, uso e transferência dos terrenos de marinha (taxa de ocupação, foro e laudêmio). A alegação era de que inexistiria relação jurídica entre os ocupantes dos terrenos e a União após a promulgação da Emenda Constitucional 46/2005.
A ação foi julgada procedente em primeira instância da Justiça Federal, mas o TRF-2, ao julgar recurso, reformou a decisão. Agora, o STF entendeu que a Emenda não alterou a propriedade da União sobre os terrenos de marinha em ilhas costeiras com sede de município. Para a relatora do caso, ministra Rosa Weber, a norma em nada alterou o regime jurídico constitucional dos terrenos de marinha. Segundo ela, o que motivou o projeto que levou à alteração constitucional foi exatamente a promoção do princípio da isonomia. Com isso, passam a ter o mesmo tratamento os municípios sediados no continente e nas ilhas costeiras.
O voto da ministra foi acompanhado por maioria no Plenário, vencido o ministro Marco Aurélio, que dava provimento ao pedido do MPF. Foi aprovada a seguinte tese, para fim de repercussão geral: “A EC 46/2005 não interferiu na propriedade da União, nos moldes do artigo 20, VII, da Constituição da República, sobre os terrenos de marinha e seus acrescidos, situados em ilhas costeiras sede de municípios”.