Em setembro de 2014, o juízo da 3ª Vara da Fazenda Pública Estadual recebeu a denúncia inicial e determinou a indisponibilidade dos bens de todos os réus no processo, entre eles, o ex-diretor da fundação entre dezembro de 2005 e setembro de 2006. Marco Antônio recorreu da decisão, que acabou sendo reformada pelo Tribunal de Justiça. Na ocasião, os desembargadores entenderam que a denúncia do MPES não imputa qualquer fato objetivo da responsabilidade do ex-dirigente por eventuais irregularidades.
O entendimento foi seguido pelo STJ que negou provimento ao recurso do Ministério Público, mantendo a exclusão de Marco Antônio do processo. Essa decisão transitou em julgado em dezembro do ano passado. O Ministério Público defendia que a instrução do processo poderia revelar a participação do então dirigente nas fraudes no convênio com a Sesa durante a gestão do ex-secretário Anselmo Tozi.
Além do ex-secretário e a pessoa jurídica da Fundação Passos Barros, o MPES denunciou outros ex-conselheiros da entidade (Marildo Pagotto Cozer, Gilberto Ribeiro dos Santos, Luiz Eugênio do Rosário Santos, Marcos Motta Ferreira, Antonio Tarcísio Corrêa de Mello e Renato Duguay Siqueira) e a ex-subsecretária de Saúde, Maria de Lourdes Soares. Todos seguem respondendo ao processo.
Na ação de improbidade (0028231-15.2013.8.08.0024), o órgão ministerial narra que os recursos públicos que seriam destinados a investimentos em projetos na área de saúde foram usados de forma irregular no pagamento de despesas regulares da entidade. Segundo o MPES, as irregularidades foram detectadas pelo Tribunal de Contas do Estado (TCE), mas foram omitidas pela cúpula da Sesa durante a aprovação das prestações de contas dos convênios. O governo repassou R$ 1,9 milhão à fundação por meio de emendas parlamentares.
Os convênios também são alvo de apuração no TCE que analisa o pedido de ressarcimento dos valores ao erário, solicitado pelo Ministério Público de Contas (MPC). O órgão ministerial pede o ressarcimento de R$ 578 mil pelo ex-secretário, além de mais R$183 mil pela então subsecretária da pasta, Maria de Lourdes Soares. As irregularidades no uso dos recursos repassados pelo Estado foram constatadas a partir de auditoria especial realizada na entidade, após representação oferecida pelo MPC em 2012.
